De Raad van Bestuur van het Vredesinstituut bestaat uit 19 stemgerechtigde leden uit uiteenlopende hoeken van het Vlaamse middenveld. De leden hebben een mandaat van vijf jaar en worden benoemd door het Vlaams Parlement. Om een onafhankelijk instituut met een groot draagvlak en de nodige deskundigheid te verzekeren, wordt in het decreet een evenwichtige vertegenwoordiging bepaald.
Freddy Sarens Monica Van Kerrebroeck Prof. Dr. Jan Clement Axel Delvoie Raf Burm Annemie Charlier Voorgedragen door de politieke fracties
Jan Boulogne Patrick Develtere Els Dirix Guy Putman Voorgedragen door de SERV
Prof. Dr. Jacobus Delwaide Prof. Dr. Gita Deneckere Prof. Dr. Philip Nauwelaerts, ondervoorzitter Voorgedragen door de VLIR
William De Bruyn Philippe Haeyaert Brigitte Herremans Voorgedragen door de Vlaamse vredesbewegingen